少年三国志二中的神兽系统是游戏战斗体系的重要组成部分，不同神兽拥有独特的技能机制和战斗定位。机关鸟作为红品质神兽，其技能机关箭雨在敌方武将阵亡时触发，对后排造成无视防御的群体伤害，并有概率附加灼烧状态，持续消耗敌方生命值。该神兽尤其适配吴国火属性阵容，能通过灼烧效果强化队伍整体输出能力。
紫金品质的天禄貔貅是当前版本中综合性能突出的治疗型神兽，其技能在我方全体血量低于60%时触发，不仅提供高额群体治疗，溢出的治疗量会转化为护盾并提升攻防属性。相比传统治疗神兽青鸾，天禄貔貅额外具备对敌方前排的无视防御伤害能力，同时赋予随机友军天降祥瑞状态，可概率吸收、反弹或免疫伤害。该神兽的护佑技能还能为攻击最高单位附加灵兽化刃增益。
黑帝玄武作为赤金神兽的代表，以防御见长。其主动技能水神潮汐在召唤时对全体敌人造成高额伤害，并为队友施加可叠加的护盾，尤其对攻击最高单位提供额外保护。这种攻防一体的特性使其成为持久战中的核心选择。另一赤金神兽五色神牛则通过天金品质的强度优势，在号令天下等活动中作为稀有奖励出现，具备复活队友等战略级效果。
早期橙品质神兽猞猁虽品质较低，但机制仍具特色。当敌方全体血量首次低于60%时，对随机一列造成爆发伤害并降低目标抗暴率，适合搭配蜀国暴击队快速压血线。而巨猿作为单体输出型神兽，第一回合结束时对随机目标造成无视防御的伤害并降低格挡率，但受随机性限制需配合集火策略。
神兽秘境玩法进一步拓展了养成维度，讨伐神兽玩法中击败跨服BOSS可获得专属装备，如兽爪、护符和项圈等部件，通过强化提升属性。秘境章节通关后还能获取碎片、元宝等资源，需根据关卡特性搭配穷奇、灵犀等控场神兽或青鸾等续航型神兽。
